甲状腺ホルモンの合成を抑える抗甲状腺薬を定期的に服用することで、過剰となっている血液中の甲状腺ホルモンの量を正常にする治療です。最も一般的な治療方法で、この治療を始めてから1～3か月で甲状腺ホルモンが正常になる方が多いです。甲状腺ホルモンの値によっては抗甲状腺薬の他に、甲状腺ホルモンの分泌を抑制する無機ヨード（KI）を併用する、またKI単独で治療することもあります。抗甲状腺薬の副作用として、発疹、かゆみ、肝機能障害などがあります。ごく稀（出現頻度0.5％程度）ではありますが、起きると重篤となる無顆粒球症（白血球の中で好中球という血球の数がゼロに近くなる）という副作用もあります。好中球は外敵のウイルスや細菌から体を守る働きをしているので、これがゼロになると、時に死亡に至る重症感染症に罹る可能性が有ります。

この発症は抗甲状腺薬の内服開始から3か月以内に約80％、4か月以内に約90％であり抗甲状腺薬を開始してから最初の3-4か月は特にまめな定期受診が必要です。2-3週間ごとの通院と血液検査を受けることにより、この副作用を早期に発見・予防することが可能です。抗甲状腺薬のなかでプロピルチオウラシル（PTU：チウラジ－ル／プロパジール）では、特にその内服期間の長期化により、血管に炎症（血管炎）を引き起こす抗好中球細胞質抗体（MPO-ANCA）という物質が血中に産生されることがあります。これにより実際に血管炎（薬剤誘発性抗好中球細胞質抗体関連血管炎）が起こる頻度は4-6.5%程度とあまり高くはありませんが、中には重篤となる場合もあり定期的に検査でその存在の有無を確認することが大切です。無顆粒球症やMPO-ANCA陽性となった場合、原則的には薬物療法を中止します。

抗甲状腺薬による治療の効き目が芳しくない場合や、副作用が強く出てしまう場合に選択されることがある治療法です。甲状腺は無機ヨウ素（I)（ヨード）を器官内に取り込み、このヨウ素（ヨード）から甲状腺ホルモンを合成します。そこで放射線（β線：ベータ線）を出す性質をもったヨウ素（放射性ヨウ素：I-131））のカプセルを外来通院で飲むことで（バセドウ病ではホルモン合成が過剰に起きているため内服したヨードの大半が甲状腺内に取り込まれ他臓器に運ばれにくい）ホルモンを産生する甲状腺の細胞を体内で破壊し（I-131のβ線は体内で1mm程度しか飛ばず他臓器損傷はほぼ無い）、甲状腺ホルモンの合成・分泌量を抑えます。妊娠中・妊娠の可能性のある患者さん、授乳中の患者さんには行うことができません。

アイソトープ治療により甲状腺は破壊される為治療効果の出る投与量を投与すると、治療後年数が経つにつれて甲状腺の働きが低下する（甲状腺機能低下症）人が増えてきます（晩発性機能低下症：投与後10年で約40%、20年で約60%程度の人に起こります）。機能低下症になった場合甲状腺ホルモン製剤を1日1回、毎日内服する必要があります。アイソトープ治療は甲状腺を破壊し容積を小さくするだけでなくバセドウ病の原因物質であるTSHレセプター抗体(TRAb)を低下させ免疫学的にもバセドウ病は治っている（緩解）というのが私の学位仕事でした（PMID:7621571）。当院では設備が無く施行出来ませんが希望する患者さんへは可能な施設を紹介させていただきます。

甲状腺の全部（全摘術）若しくは一部を残して（亜全摘術）甲状腺を外科手術によって切除する治療法です。特に甲状腺の腫れがひどい（大きな甲状腺腫）場合や、抗甲状腺薬による効き目が芳しくない場合、副作用が強く出てしまう場合に選択されます。アイソトープ療法と同様、抗甲状腺薬治療よりも短期間での治療が可能であり全摘術後は再発もしない方法ですが、入院が必要です。何れの術式でも将来的に甲状腺機能低下症を引き起こしてしまうリスクがあり、外科的な治療の為のどに小さな傷が残ります。